平凡小镇的大楼突然出现了巨大怪兽，随后自卫队紧急出动，小镇陷入骚乱中。而此时少女YUKI却意外得知同校男生少年TETSU的秘密。原来，TETSU的家里养着一只和这个奇妙生物极为相似的宠物千子。YUKI对TETSU和千子的关系充满了好奇。
在众多企业向宇宙扩张、构建庞大经济圈的时代，星元122年，一位年轻女孩从墨丘利边疆区来到MS行业最大的企业“贝纳利集团”运营的“Asticacia高等专科学校”。她的名字叫苏莱塔·墨丘利。这个天真的女孩胸前挂着明亮的红光，渐渐走向了新的世界。
小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。
