喜欢神秘事物的东树自然很快乐，但科罗的脑海里充满了入侵地球的事情。他们在那里发现了废墟，因为迷路了，但后来由于意外情况不得不逃离那里。但就在这时，东树看到一个女孩在一瞬间迷失了方向。抱着女孩的神秘感，东树和科若罗回到了东京。但就在这时，最强大的敌人出现在他们面前。它看起来和KERORO一样，但与KERORO不同的是，他想迅速彻底地计划入侵地球的黑暗KERORO。他率领部下CIBABA、DORURURU和MIRURU在世界各国发动侵略行动。与这一切作斗争的科罗队的命运是什么
所谓S•A班就是special A班，尖子班中的尖子班，只有全年级前七名的精英学生才能进入S•A班。但是光在这里依然打不败全年级第一的彗，还被彗戏谑地称作永远的第二名。除了彗和光，S•A班里还有第三名、第四名的天才音乐家的孩子山本纯（代永翼 配音）和山本芽（高垣彩阳 配音）双胞胎兄妹；第五名的学院理事长的儿子狩野宙（下野紘 配音）；第六名的航空公司社长千金东堂明（生天目仁美 配音）；第七名的体育用品公司社长的儿子辻龙（堀江一真 配音）。光一次次挑战彗的故事还在继续……
南光太郎和秋月信彦在一个日食的日子出生、并且以兄弟的身份被扶养长大。信彦的父亲，秋月总一郎是秘密组织戈鲁戈姆的成员之一。在光太郎和信彦19岁生日那天，两人被这个秘密组织捉去改造成为戈鲁戈姆的支配者·创世王的候补者·世纪王。
