《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
在搬家之前，桂树乘坐新干线走了很长一段路去见明丽。经过漫长的等待，在茫茫的雪地里，两人在枯萎的樱花树下深情拥抱，献出了初吻，约定下次再一起看樱花。时光飞逝，两人再也没有见过面。尽管他们一直在人群中寻找对方的身影，但似乎总是徒劳。后来，他们有了自己的生活，但偶尔他们会梦到13岁时的青春美好的恋情，却意识到当时他们说不出的词是爱。
但是拍摄期间美津子偷偷逃跑，刚愎的武藤还骂跑了专业摄影团队。关键时刻，美津子带着一名搞不清状况的路人桥本公次（星野源 饰）回来。根本没接触过电影的公次被逼担任导演职务，走投无路之际他求助于始终怀有电影梦想的超级影迷平田（长谷川博己 饰）。在此期间，武藤组的死对头池上组在老大池上（堤真一 饰）的率领下准备发动一场血腥的黑道战争。 平田等人以此为蓝本，拍摄了一部虚实结合、癫狂暴乱的黑帮火并大戏！
