在《绝对零预防犯罪2》的开头，井上一树饰演的泽村一树的任务是“犯罪搜查系统的实用性”。该系统将分析公民的所有个人信息和国家监视器返回的图像。本季的故事将从官邸被释放进入紧急状态的场景开始，在涩谷、新宿和下关等地设置了最高级别的爆炸物，时间线将在几个月前拉开。参与搜查的本田毅饰演的小田彻进入正在搜查爆炸物的房间，发现泽村一彦饰演的井上持枪并流下了眼泪。在他面前的是一名被枪杀的妇女。
女大学生盛善环才在接受主播采访后刺杀了她的父亲，一位著名的画家。由于她美丽的外表和被捕后留下的一句话：“你自己去找我杀我的动机。”这导致媒体不断夸大报道，为什么这个有前途的女儿要杀了她的父亲？为什么连她自己都不明白原因？与此同时，临床心理学家真比·玉姬受出版社委托，计划写一本关于圣山环彩故事的书，从而开始研究这一事件。一个有着复杂情感关系的诱人女孩。。。当她周围的角色指出欢彩的可疑经历时，玉姬发现欢彩身上缺少了一个关键记忆。如果我们在记忆中找到了初恋，我们能解开杀害父亲的原因吗？
双六一（关智一 配音）是第十三监狱的看守主任，人称南波监狱的No.1，他不仅工作十分认真，就连兴趣爱好都要做到最好。 十三号监狱里关押着四名犯人——有着灰暗过去一心想要越狱的少年Jyugo（上村佑翔 配音）、风流成性只要是女人就来者不拒的Uno（柿原彻也 配音）、虽然身为美国人却对日本动漫异常狂热的Niko（小林大纪 配音）以及人生之中最重要的两件事是吃饭和睡觉的Rock（汐崎艾鲁 配音）。一直以来对自己的能力自信满满的双六一发现，自己竟然拿这不按常理出牌的四人毫无办法。
