1274年秋天。一艘被流放的船在风暴中驶向对面的马。目的地是马的流放地。宗室宗主国的女儿惠日姬骑马迎接了这艘被流放的船。之后，举行了招待宴会，在宴会上，流亡者得知了一件可怕的事情。
故事发生在宣丘高中E班，历时三年。表面上看，这是一个普通的阶层，但实际上，这里聚集了所有熟练无情的刺客。每年，他们都会通过特殊渠道接受来自世界各地的暗杀任务，为各国领导人“解决问题”。
松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。
