一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。 挺身而出的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。 为了守护大家的笑容，特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼（平野宏周 饰）、伊格尼斯/黑暗特利迦（细贝圭 饰），将一同投身这场光与影的大决战！
U.在C.0097年期间，“拉普拉斯事件”的争端结束后，戈达德号这两只独角兽被秘密封存，新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际，失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。
