三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。
为了对抗突然出现的人类敌人“尼禄”，世界各国组成了一支联合军队。但只有拥有特殊魔法的女孩才能对抗她们。由联合部队领导的柏林夺回行动终于开始了，第501联合作战航空团“对女巫的袭击”再次组建了一支军队。
哈利姆，一位因事故以他的名字命名的画家。为了给丈夫找到角膜捐献者，妻子麦将角膜捐赠给了祖先营地的前面。“这体现了老年晚期癌症患者的大学根基。角膜捐献的危险，开始交易的刘善英和达根激动人心的性兴奋。
