在未来的某一天，一对男女Retro（山口胜平 配音）和Pandy（本田贵子 配音）在一片荒野中醒来，却发现自己不但赤身裸体而且丧失了记忆。二人来到了东京闹市中肆意抢劫衣服和食物，经过一番大战后，两人被捕，并被投放到月球上的监狱“Dead Leaves”。 经过一段短暂的禁闭生活后，他们发现这座监狱是一所克隆工厂。两个看守员随意杀害克隆人，于是Retro和Pandy萌生了越狱的念头。Retro和Pandy轻而易举地解开了身上的锁，更不可思议的是，他们居然对这座监狱了如指掌。他们的真实身份究竟是什么？
4月1日，俊勋（由兰井泰介饰演）在一所私立交叉学校学习，拥有与普通人截然不同的能力。他能看到别人看不到的东西，而众生的奇怪形状让他感到困惑。一次偶然的机会，俊勋踏入了一座既存在又不存在的建筑，遇到了被称为“次元魔女”的石原裕子（星饰演）。
