STORY被称为结城新一郎的最后一位侦探，他们和他的搭档组成了一对侦探组合，以解开这个世界上的谜团和真相。当面对无法用常识解释的谜题或案例时，在真次郎的推理和因果合作的帮助下，这些难题往往很容易得到解决。
二十年后的一天，初音岛风间书院官方新闻部门的权威遭到了非官方部门的大胆挑战。毕业季即将到来，出版《毕业季》特刊成为该系的首要任务。这一次，森原莉夏部长（新田惠海配音）决定调查传说中的樱花树，并将“魔法”作为杂志的主题。
在羽田省，似乎有一个人的目标是内战，这场内战因混乱而成倍增加。此外，为了自己的雄心壮志，陆方进入了最后阶段。在超过国家死亡危机的哈塔省，一场新的骚乱开始出现--
