12年前,发生在林加德王国的事件,留下了一个巨大的谜团,正在从人们的记忆中被遗忘。随着时间的推移,主人公薇和莉娜的两个姐妹在阿纳斯蒂亚王国过着稳定的日常生活。一天,一架巨大的飞机袭击了阿纳斯塔西娅。以这一天为分界线,女孩们的命运被卷入了漩涡。
为了满足自己珍爱的妹妹的希望,于是鲁鲁修对《CODE GEASS》系列的登场人物使用GEASS的力量。“鲁鲁修・V・不列颠尼亚命令,《CODE GEASS》的角色们啊,成为我所讲故事的登场人物吧,使我最爱的妹妹娜娜莉高兴!”就这样开始了《CODE GEASS》历史上最大规模的GEASS浪费,新的不思议之国的故事就此上演。