本作讲述的是这样一个故事:回到王立警察特殊犯罪捜査课的天才搜查官基思(キース・フリック)追寻着某个事件的犯人。该犯人是专门猎杀凶恶犯罪者的连续杀人犯,通称“Killer B”。在犯罪现场必然会刻下的“B”的文字引起了人们的注意和猜测。
世界受“魔甲虫”威胁,大地遭其占据,人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司,是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而,如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天,彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——?由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击,现在启动