地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
一天晚上，一场大战刚刚结束，战败的武士（小太郎饰演）匆忙逃离，躲在荒山上的一座古庙里。他很快发现，他在这里并不孤单，而是另一个自称“饥荒之神”（加藤雅也饰）的人在这里隐居。黄神武武功高强。据说它的前身是剑圣宫本武藏。
