但隐约感觉到神户将会沉没的奥特兄弟，使用了"最终十字屏障"，封印了这股邪恶力量。可是，使用"最终十字屏障"需要使用大量的光能，这就意味着奥特曼失去了变身的能力。 于是，时光流逝到了现在。在地球上，诞生了一位继承了奥特兄弟意志的新英雄，他的名字就是梦比优斯奥特曼。
偶然相遇、彼此完全不同的朱立和有奈，以及朱立毫无关联的弟弟梨阳和有奈青梅竹马的青梅竹梅兼部长，都是住在同一公寓、就读同一所学校的高中新生。有乃渴望李阳，李阳对朱立怀有一颗难以言喻的心。朱立隐藏了一个秘密，而何晨见证了某个秘密。
喜欢神秘事物的东树自然很快乐，但科罗的脑海里充满了入侵地球的事情。他们在那里发现了废墟，因为迷路了，但后来由于意外情况不得不逃离那里。但就在这时，东树看到一个女孩在一瞬间迷失了方向。抱着女孩的神秘感，东树和科若罗回到了东京。但就在这时，最强大的敌人出现在他们面前。它看起来和KERORO一样，但与KERORO不同的是，他想迅速彻底地计划入侵地球的黑暗KERORO。他率领部下CIBABA、DORURURU和MIRURU在世界各国发动侵略行动。与这一切作斗争的科罗队的命运是什么
