这些女孩被称为“女巫”，自古以来就一直处于攻势之中，利用她们隐藏的魔法与威胁人类生存的各种怪物作战。在由神奇女孩组成的机械化空中步兵的抵抗下，外星军最终撤退，这些女孩也成功撤退并分散在世界各地。其中一位是美丽的女孩宫户芳佳（由富原美里配音）。战争结束后，她回到了家乡扶桑王国，目标是成为一名优秀的医生。这一天，扶桑皇家海军学校的学生Shigeru Nobuyoshi（上田彩配音）前来参观，并邀请方家前往欧洲葡萄园公国学习。拥有绝技的美丽魔法女孩从四面八方再次聚集，开心地开着玩笑，却没有意识到不死的外星军队正在悄悄靠近
海岛国王之儿子小椎命，英勇绝伦，熟谱兵法。继母为人阴险，一心想自己的儿子继成皇位，遂阴谋除去皇子，向天皇献议，命皇子率兵征服饶勇善战之熊曾族人，并深信皇子必战死沙场。
知名漫画家小岛正子（宫泽理惠饰演）付出了很大的努力，最终在截止日期内完成了最新的连载。当她从睡梦中醒来时，她发现她最喜欢的猫已经停止了呼吸。这件事对漫画家来说是个打击。
