由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”…… 因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。 使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。 她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。 K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。 SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕获消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。 与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。 以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“Soul Speed”·真纪的传闻——。 追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。 ……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。
即使在被阿德尔袭击后，爱丽丝仍然相信杀死阿德尔的黑暗王子，并订立了一项“契约”，让世界和平共处。但他们的“协议”被黑暗之王践踏了。不仅是白人，还有黑人试图摧毁黑暗之王。发现这一点的黑暗王子在地下叹了口气，获得了飞越天空的力量，朝着爱丽丝的位置飞去。黑暗王子在镇压黑暗军队并向爱丽丝伸出援手的同时，宣布了世界末日
