松竹官方并没有公布故事内容，只表示：本作将延续<摄影机不要停>的风格，肯定又会诞生出一部奇想天外的娱乐映画。 影片将于10月18日在日本国内公映。
世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
在一次偶然的森林探险中，玛丽看到了传说中的神奇花朵“夜间飞行”，还发现了一把坏扫帚。不幸的是，这把神奇的扫帚把玛丽带上了天空，来到了专门训练魔术师的恩德学院。在这个神奇的地方，玛丽受到了曼布莱切克女士（天海佑希配音）的热情接待，还遇到了长相奇怪的D医生（小日向文石配音）。虽然女孩迷迷糊糊地变成了巫师学生，但他很快就发现了这里隐藏的秘密。。。这部电影改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说，是米林·鸿昌离开吉卜力工作室后制作和拍摄的第一部动画长片。
