从那时起，五年过去了。亚马逊几乎被驱逐，世界正在走向和平。然而，感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大，政府成立了一个新的4C组织，秘密驱逐亚马逊化的人类。其中，童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。
在新学期开始时，进入六年级的孩子们迎来了一位新老师Akuzin Shinya（天海佑希饰演）。在第一节课上，这位不苟言笑的新雅老师发表了一篇关于社会不公和残酷的评论，表示未来将在课堂上实施差别待遇，唯一的措施将是每周的考试成绩。
在海外学习法律归来的仓持典子（井上真央 饰）撞坏黑道的豪车，为避免卖身还债，她求助于自称“道歉师”的黑岛让（阿部隆史 饰）。经营东京道歉中心的黑岛以极其专业的技巧圆满解除这一危机，之后典子也作为员工效力黑岛旗下。
