幸存的人们建造了三堵巨大的防护墙，以防止巨人的入侵，并在这个与世隔绝的环境中享受了百年的和平。然而，作为“和平”的代价，人类已经失去了走出围墙的“自由”，像圈养的动物一样平静地生活。主人公艾伦·耶格尔对他尚未见过的外部世界感兴趣，但也渴望人类失去的“自由”。与大多数害怕巨人、盲目相信墙可以保护自己的安全并愿意在墙内生存的人类不同，他探索墙外世界的想法被认为是异端。十岁那年，当人们已经安逸了100年的时候，艾伦·耶格尔突然出现了一个前所未有的60米高的“超级巨人”，以压倒性的力量摧毁了城墙。之后它立即消失了，巨人们成群结队地冲进墙里捕食人类。
日本科学技术大学的教授上田次郎（阿部宽饰）主攻物理学。他向全日本的超能力者发出挑战，“如果能在我面前证明超能力的存在，将获得奖赏”。这一广告，吸引了落魄的魔术师，曾经日本第一魔术师山田刚三的女儿，山田奈绪子（仲间由纪恵饰）的注意。
高度发达的工业文明最终带来了灾难，长达7天的虫族毁灭战争摧毁了人类文明。一千年后，工业文明留下的问题继续困扰着这个星球。毒性强的植物形成了一片令人生畏的“腐生海”森林，随着时间的推移，腐生海有序扩散，吞噬了周围的世界。
