《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。天正十年,爆发了左右日本战国史的最重要事件——本能寺之变,第六天魔王织田信长(筱井英介 饰)霸业梦断。他的属下在继承信长遗志的同时,也展开了关于继承者的明争暗斗。