很久以前，在无人居住的山区，建立了最新的人类研究中心。有一天，用于研究的主计算机突然意识到了这一点，并勃然大怒。人类不知疲倦地工作以防止暴乱并恢复和平。。。
心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。
