从那时起，五年过去了。亚马逊几乎被驱逐，世界正在走向和平。然而，感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大，政府成立了一个新的4C组织，秘密驱逐亚马逊化的人类。其中，童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。
少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。 在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
有一天，三个拥有28万人口的市场突然打开了通往其境内未知世界的大门。从大门的另一端，被称为“附近的人”的怪物蜂拥而出。当人类惊慌失措时，他们发现地球上现有的武器对附近的人没有影响。
